A szaruhártya-transzplantáció leggyakoribb indikációi a bullózus keratopathia (pseudophakiás, Fuchs-féle endoteliális disztrófia, aphakiás), a keratoconus, az ismételt szövetátültetés, a keratitis (vírusos, bakteriális, gombás, Acanthamoeba, perforáció) és a stromális szaruhártya-disztrófiák.