Leggyakrabban a pszeudomembranosus vastagbélgyulladás az ampicillin, linkomicin, klindamicin, cefalosporinok, ritkábban a penicillin, eritromicin, klóramfenikol, tetraciklin hosszú távú antibiotikum-használatának hatása alatt alakul ki. A Clostridium difficile egy spóraképző Gram-pozitív anaerob pálca, amely kétféle exotoxin termelésére képes: toxin A és toxin B. A Clostridium difficile-hez kapcsolódó pszeudomembranosus vastagbélgyulladásnak négy fő oka van.