A pajzsmirigy mikroszomális frakciója elleni antitestek meghatározását az autoimmun pajzsmirigy-gyulladás és a hipotireózis diagnosztizálására használják, amelyekben a vérben lévő antitestek szintje megemelkedik. A pajzsmirigy mikroszómái elleni antitestek immunkomplexeket képeznek a sejtek felszínén, aktiválják a komplementet és a citotoxikus limfocitákat, ami sejtek pusztulásához és gyulladásos folyamat kialakulásához vezet a pajzsmirigyben.